Switching to BS5

benchmark_tessera_world_usb.sh

@@ -0,0 +1,244 @@
+#!/usr/bin/env bash
+set -u
+set -o pipefail
+
+MOUNT="/opt/data/TESSERA_WORLD"
+OUTDIR="/home/otivm/OTIVM/data"
+OUTFILE="$OUTDIR/tessera_world_usb_inventory.txt"
+PYTHON="/home/otivm/pipeline-venv/bin/python3"
+
+mkdir -p "$OUTDIR"
+
+{
+echo "TESSERA WORLD USB Drive Inventory and Benchmark"
+echo "Generated: $(date -u +%Y-%m-%dT%H:%M:%SZ)"
+echo "Mount: $MOUNT"
+echo ""
+
+echo "=== PHASE 0: MOUNT CHECK ==="
+echo "--- Step 1: Mount contents ---"
+ls "$MOUNT" || exit 1
+echo ""
+
+echo "--- Step 2: Mount details ---"
+df -h "$MOUNT"
+mount | grep TESSERA_WORLD || true
+echo ""
+
+echo "--- Step 3: Read-only status ---"
+touch "$MOUNT/test_write_attempt" 2>&1 || echo "CONFIRMED READ-ONLY"
+echo ""
+
+echo "=== PHASE 1: TOP-LEVEL STRUCTURE ==="
+echo "--- Step 4: Top-level directory listing ---"
+ls -lah "$MOUNT/"
+echo ""
+
+echo "--- Step 5: Recursive directory tree, directories only ---"
+find "$MOUNT" -type d | sort
+echo ""
+
+echo "--- Step 6: File count by directory ---"
+find "$MOUNT" -type f | sed 's|/[^/]*$||' | sort | uniq -c | sort -rn
+echo ""
+
+echo "=== PHASE 2: FILE TYPE CENSUS ==="
+echo "--- Step 7: File extensions and counts ---"
+find "$MOUNT" -type f | sed 's|.*\.||' | sort | uniq -c | sort -rn
+echo ""
+
+echo "--- Step 8: Total size by top-level subdirectory ---"
+du -sh "$MOUNT"/*/ 2>/dev/null | sort -rh
+echo ""
+
+echo "--- Step 9: Total size of mount ---"
+du -sh "$MOUNT/"
+echo ""
+
+echo "=== PHASE 3: PER-DATASET INVENTORY ==="
+echo "--- Step 10: GeoTIFF files ---"
+find "$MOUNT" -type f \( -name "*.tif" -o -name "*.tiff" \) -print0 \
+  | xargs -0 -r ls -lh 2>/dev/null | awk '{print $5, $9}' | sort -rh
+echo ""
+
+echo "--- Step 11: HDF5 files ---"
+find "$MOUNT" -type f \( -name "*.h5" -o -name "*.hdf5" \) -print0 \
+  | xargs -0 -r ls -lh 2>/dev/null | awk '{print $5, $9}'
+echo ""
+
+echo "--- Step 12: NetCDF files ---"
+find "$MOUNT" -type f -name "*.nc" -print0 \
+  | xargs -0 -r ls -lh 2>/dev/null | awk '{print $5, $9}'
+echo ""
+
+echo "--- Step 13: CSV and TSV files ---"
+find "$MOUNT" -type f \( -name "*.csv" -o -name "*.tsv" \) -print0 \
+  | xargs -0 -r ls -lh 2>/dev/null | awk '{print $5, $9}'
+echo ""
+
+echo "--- Step 14: SQLite files ---"
+find "$MOUNT" -type f \( -name "*.sqlite" -o -name "*.sqlite3" -o -name "*.db" \) -print0 \
+  | xargs -0 -r ls -lh 2>/dev/null | awk '{print $5, $9}'
+echo ""
+
+echo "--- Step 15: Shapefile components ---"
+find "$MOUNT" -type f \( -name "*.shp" -o -name "*.dbf" -o -name "*.shx" -o -name "*.prj" \) -print0 \
+  | xargs -0 -r ls -lh 2>/dev/null | awk '{print $5, $9}' | sort
+echo ""
+
+echo "--- Step 16: Other file types ---"
+find "$MOUNT" -type f \
+  ! -name "*.tif" ! -name "*.tiff" ! -name "*.h5" ! -name "*.hdf5" \
+  ! -name "*.nc" ! -name "*.csv" ! -name "*.tsv" \
+  ! -name "*.sqlite" ! -name "*.sqlite3" ! -name "*.db" \
+  ! -name "*.shp" ! -name "*.dbf" ! -name "*.shx" ! -name "*.prj" \
+  -print0 | xargs -0 -r ls -lh 2>/dev/null | awk '{print $5, $9}' | sort
+echo ""
+
+echo "=== PHASE 4: GEOTIFF METADATA ==="
+"$PYTHON" - <<'PYEOF'
+import glob
+import os
+
+try:
+    import rasterio
+except Exception as e:
+    print(f"ERROR: rasterio unavailable: {e}")
+    raise SystemExit(0)
+
+patterns = [
+    "/opt/data/TESSERA_WORLD/**/*.tif",
+    "/opt/data/TESSERA_WORLD/**/*.tiff",
+]
+
+files = []
+for p in patterns:
+    files.extend(glob.glob(p, recursive=True))
+files.sort()
+
+if not files:
+    print("No GeoTIFF files found.")
+else:
+    for f in files:
+        try:
+            with rasterio.open(f) as ds:
+                print("---")
+                print(f"FILE:     {f}")
+                print(f"SIZE:     {os.path.getsize(f) / 1e9:.2f} GB")
+                print(f"CRS:      {ds.crs}")
+                print(f"RES:      {ds.res}")
+                print(f"BOUNDS:   {ds.bounds}")
+                print(f"SHAPE:    {ds.width} x {ds.height} px")
+                print(f"BANDS:    {ds.count}")
+                print(f"DTYPE:    {ds.dtypes}")
+                print(f"NODATA:   {ds.nodata}")
+        except Exception as e:
+            print(f"ERROR reading {f}: {e}")
+PYEOF
+echo ""
+
+echo "=== PHASE 5: READ SPEED BENCHMARKS ==="
+echo "--- Step 18: Raw sequential read speed of largest GeoTIFF ---"
+LARGEST=$(find "$MOUNT" -type f \( -name "*.tif" -o -name "*.tiff" \) -print0 \
+  | xargs -0 -r ls -s 2>/dev/null | sort -rn | head -1 | awk '{print $2}')
+echo "Benchmarking: $LARGEST"
+if [ -n "${LARGEST:-}" ]; then
+  dd if="$LARGEST" of=/dev/null bs=1M status=progress 2>&1 | tail -3
+else
+  echo "No GeoTIFF found for sequential benchmark."
+fi
+echo ""
+
+echo "--- Step 19: Random point sample speed, 2401 points from first GeoTIFF ---"
+"$PYTHON" - <<'PYEOF'
+import glob
+import time
+
+try:
+    import rasterio
+    import numpy as np
+except Exception as e:
+    print(f"ERROR: rasterio/numpy unavailable: {e}")
+    raise SystemExit(0)
+
+files = glob.glob("/opt/data/TESSERA_WORLD/**/*.tif", recursive=True)
+files += glob.glob("/opt/data/TESSERA_WORLD/**/*.tiff", recursive=True)
+
+if not files:
+    print("No GeoTIFF found for benchmark.")
+else:
+    f = sorted(files)[0]
+    print(f"Benchmarking random point reads from: {f}")
+    with rasterio.open(f) as ds:
+        bounds = ds.bounds
+        rng = np.random.default_rng(42)
+        lons = rng.uniform(bounds.left, bounds.right, 2401)
+        lats = rng.uniform(bounds.bottom, bounds.top, 2401)
+        coords = list(zip(lons, lats))
+
+        t0 = time.perf_counter()
+        results = list(ds.sample(coords))
+        t1 = time.perf_counter()
+
+    elapsed = t1 - t0
+    print(f"2401 point samples: {elapsed:.3f}s")
+    print(f"Per-point:          {elapsed/2401*1000:.3f}ms")
+    print(f"Projected H5 time:  {elapsed:.1f}s per H5 hex")
+    print(f"Five H5s:           {elapsed*5:.1f}s total")
+PYEOF
+echo ""
+
+echo "--- Step 20: SQLite write speed baseline on local disk ---"
+"$PYTHON" - <<'PYEOF'
+import sqlite3
+import time
+import tempfile
+import os
+
+tmp = tempfile.mktemp(suffix=".sqlite3")
+con = sqlite3.connect(tmp)
+con.execute("PRAGMA journal_mode=WAL")
+con.execute("PRAGMA synchronous=NORMAL")
+con.execute("""
+    CREATE TABLE bench (
+        id INTEGER PRIMARY KEY,
+        h9 INTEGER, h7 INTEGER, h5 INTEGER,
+        lat REAL, lon REAL,
+        elev_cm INTEGER, terrain INTEGER, hydro INTEGER,
+        geo_dep INTEGER, geo_flag INTEGER, occ_flag INTEGER,
+        status INTEGER, run_id INTEGER, created_at TEXT
+    )
+""")
+
+rows = [
+    (i, i*10, i*100, i*1000,
+     40.0 + i*0.001, 12.0 + i*0.001,
+     100, 1, 0, 255, 0, 0,
+     1, 1, "2026-04-26T00:00:00Z")
+    for i in range(2401)
+]
+
+t0 = time.perf_counter()
+con.executemany("""
+    INSERT INTO bench
+    (id, h9, h7, h5, lat, lon, elev_cm, terrain, hydro,
+     geo_dep, geo_flag, occ_flag, status, run_id, created_at)
+    VALUES (?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?)
+""", rows)
+con.commit()
+t1 = time.perf_counter()
+
+elapsed = t1 - t0
+print(f"2401 row INSERT+COMMIT: {elapsed:.3f}s")
+print(f"Per-row:               {elapsed/2401*1000:.3f}ms")
+con.close()
+os.unlink(tmp)
+PYEOF
+echo ""
+
+echo "=== PHASE 6: REPORT LOCATION ==="
+echo "Inventory written to $OUTFILE"
+} | tee "$OUTFILE"
+
+echo ""
+wc -l "$OUTFILE"

data/tessera_usb_inventory.txt

@@ -0,0 +1,581 @@
+TESSERA USB Drive Inventory
+Generated: 2026-04-26T20:50:57Z
+Mount: /opt/data/TESSERA_APR26
+
+=== MOUNT INFO ===
+Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
+/dev/sdb1        29G  7.0G   21G  26% /opt/data/TESSERA_APR26
+/dev/sdb1 on /opt/data/TESSERA_APR26 type ext4 (ro,relatime)
+
+=== TOTAL SIZE ===
+7.0G	/opt/data/TESSERA_APR26/
+
+=== SIZE BY SUBDIRECTORY ===
+6.8G	/opt/data/TESSERA_APR26/gebco/
+240M	/opt/data/TESSERA_APR26/hydrosheds/
+16K	/opt/data/TESSERA_APR26/lost+found/
+17M	/opt/data/TESSERA_APR26/mrds/
+
+=== FILE COUNT BY EXTENSION ===
+     18 tif
+      3 pdf
+      1 met
+      1 csv
+
+=== FULL FILE LIST ===
+-rwxr--r-- 1 nobody nogroup 891M Jul 31  2025 /opt/data/TESSERA_APR26/gebco/gebco_2025_n0.0_s-90.0_w0.0_e90.0.tif
+-rwxr--r-- 1 nobody nogroup 891M Jul 31  2025 /opt/data/TESSERA_APR26/gebco/gebco_2025_n0.0_s-90.0_w-180.0_e-90.0.tif
+-rwxr--r-- 1 nobody nogroup 891M Jul 31  2025 /opt/data/TESSERA_APR26/gebco/gebco_2025_n0.0_s-90.0_w-90.0_e0.0.tif
+-rwxr--r-- 1 nobody nogroup 891M Jul 31  2025 /opt/data/TESSERA_APR26/gebco/gebco_2025_n0.0_s-90.0_w90.0_e180.0.tif
+-rwxr--r-- 1 nobody nogroup 891M Jul 31  2025 /opt/data/TESSERA_APR26/gebco/gebco_2025_n90.0_s0.0_w0.0_e90.0.tif
+-rwxr--r-- 1 nobody nogroup 891M Jul 31  2025 /opt/data/TESSERA_APR26/gebco/gebco_2025_n90.0_s0.0_w-180.0_e-90.0.tif
+-rwxr--r-- 1 nobody nogroup 891M Jul 31  2025 /opt/data/TESSERA_APR26/gebco/gebco_2025_n90.0_s0.0_w-90.0_e0.0.tif
+-rwxr--r-- 1 nobody nogroup 632M Jul 31  2025 /opt/data/TESSERA_APR26/gebco/gebco_2025_n90.0_s0.0_w90.0_e180.0.tif
+-rwxr--r-- 1 nobody nogroup 242K Jul 25  2025 /opt/data/TESSERA_APR26/gebco/GEBCO_Grid_documentation.pdf
+-rwxr--r-- 1 nobody nogroup 143K Jul 31  2025 /opt/data/TESSERA_APR26/gebco/GEBCO_Grid_terms_of_use.pdf
+-rw-rw-rw- 1 nobody nogroup  24M Apr  8  2022 /opt/data/TESSERA_APR26/hydrosheds/hyd_af_acc_15s.tif
+-rw-rw-rw- 1 nobody nogroup  24M Apr  8  2022 /opt/data/TESSERA_APR26/hydrosheds/hyd_af_dir_15s.tif
+-rw-rw-rw- 1 nobody nogroup  24M Apr  8  2022 /opt/data/TESSERA_APR26/hydrosheds/hyd_ar_acc_15s.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  20M Apr  4 07:30 /opt/data/TESSERA_APR26/hydrosheds/hyd_ar_dir_15s.tif
+-rw-rw-rw- 1 nobody nogroup  20M Apr  8  2022 /opt/data/TESSERA_APR26/hydrosheds/hyd_as_acc_15s.tif
+-rw-rw-rw- 1 nobody nogroup  24M Apr  8  2022 /opt/data/TESSERA_APR26/hydrosheds/hyd_as_dir_15s.tif
+-rw-rw-rw- 1 nobody nogroup  24M Apr  8  2022 /opt/data/TESSERA_APR26/hydrosheds/hyd_eu_acc_15s.tif
+-rw-rw-rw- 1 nobody nogroup  28M Apr  8  2022 /opt/data/TESSERA_APR26/hydrosheds/hyd_eu_dir_15s.tif
+-rw-rw-rw- 1 nobody nogroup 465K Apr  7  2022 /opt/data/TESSERA_APR26/hydrosheds/HydroSHEDS_TechDoc_v1_4.pdf
+-rw-rw-rw- 1 nobody nogroup  24M Apr  8  2022 /opt/data/TESSERA_APR26/hydrosheds/hyd_si_acc_15s.tif
+-rw-rw-rw- 1 nobody nogroup  28M Apr  8  2022 /opt/data/TESSERA_APR26/hydrosheds/hyd_si_dir_15s.tif
+-rw-rw-r-- 1 nobody nogroup  16M Aug 23  2022 /opt/data/TESSERA_APR26/mrds/mrds.csv
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup 146K Aug 10  2021 /opt/data/TESSERA_APR26/mrds/mrds.met
+
+=== WORLDCOVER DRIVE INVENTORY ===
+Generated: 2026-04-27T01:10:53Z
+
+=== MOUNT INFO ===
+Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
+/dev/sdd1        29G   22G  5.7G  80% /opt/data/TESSERA_WORLD
+/dev/sdd1 on /opt/data/TESSERA_WORLD type ext4 (ro,relatime)
+
+=== TOTAL SIZE ===
+22G	/opt/data/TESSERA_WORLD/
+
+=== SIZE BY SUBDIRECTORY ===
+16K	/opt/data/TESSERA_WORLD/lost+found/
+22G	/opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/
+
+=== FILE COUNT BY EXTENSION ===
+    513 tif
+
+=== FULL FILE LIST ===
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  88M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E000_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  66M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E003_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  62M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E006_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  17M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E009_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup 5.6M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E012_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup 3.3M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E015_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  21M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E018_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  52M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E021_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  14M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E024_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup 5.8M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E027_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  18M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E030_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  47M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E033_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  91M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E036_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  12M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E039_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  81M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E042_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup 5.1M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E045_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  12M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E048_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup 6.7M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E051_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup 6.1M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E054_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  75M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15E072_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  71M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15W003_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  69M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15W006_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  57M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15W009_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  73M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15W012_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  95M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N15W015_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup  18M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N18E000_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup 7.0M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N18E003_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup 9.8M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N18E006_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup 2.6M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N18E009_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup 2.3M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N18E012_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup 5.6M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N18E015_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup 4.3M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N18E018_Map.tif
+-rw-r--r-- 1 nobody nogroup 2.1M Oct 26  2022 /opt/data/TESSERA_WORLD/worldcover/ESA_WorldCover_10m_2021_v200_N18E021_Map.tif
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